Con el objetivo prioritario de proteger los municipios de Cabezón de la Sal y Mazcuerras de las avenidas del río Saja, el proyecto aplica diferentes estrategias. Una de las principales actuaciones corresponde a la ejecución de motas de defensa a lo largo de las llanura de inundación. Una vez finalizadas, son tratadas con hidrosiembra y/o plantaciones de árboles en función de su localización. En su sección se integran zonas transitables, peatonales, bicicleta, etc. El trabajo en las márgenes incluye también la eliminación de barreras longitudinales -escolleras- para contribuir a mejorar el perfil del río y mitigar el efecto de encajonamiento, la plantación de especies hidrófilas como el sauce, para dar estabilidad a las orillas, y de especies autóctocas en aquellos taludes donde se elimina la escollera. El objetivo es dificultar su colonización por especies invasoras. En aquellos tramos sometidos a una mayor erosión durante las crecidas periódicas se ha ejecutado un muro Krainer con troncos de ecucalipto y relleno de material natural recuperado de la propia obra, lecho de plantones de sauce y pie de escollera. Por último, destaca la recuperación de brazos históricos del río, en ambas márgenes, mediante la retirada parcial de defensas y rellenos que bloqueaban su circulación.
Mitigación de especies exóticas e invasoras. El tratamiento se aplica a lo largo de tres años consecutivos. Entre las especies presentes están la mimosa, la crocosmiala y, la más agresiva, la reynoutria japónica. El trabajo realizado con esta especie ha abarcado una superficie cercana a las 35 ha. Calidad del agua. El diseño del proyecto aprovecha la orografía natural para la instalación de setos y filtros verdes. Se trata de una infraestructura verde lineal que, a través de sus raíces, consigue reducir la carga orgánica procedente de las actividades agrícolas y ganaderas contenida en las aguas de escorrentía y de infiltración. Estos filtros verdes se colocan en las márgenes de los regatos que cruzan los prados.
La regeneración del hábitat del río se ve potenciada por la inclusión de medidas protectoras de diferentes especies y de fomento de la biodiversidad. Entre las medidas más significativas desarrolladas en el proyecto encontramos las de protección de la avifauna, con la colocación de aisladores y dispositivos anticolisión en las líneas eléctricas presentes en la zona. Los ecosistemas fluviales se caracterizan por una presencia elevada de anfibios, son especies muy vulnerables a la degradación de su hábitat. Para impulsar la conservación de las poblaciones de anfibios existentes, se han ejecutado 35 charcas en las que, además, se han incorporado refugios para especies fitófagas (descomponedores de madera). Estos refugios se ejecutan mediante la colocación de cebos de madera procedente de la poda del ámbito de la obra.
Como parte de la integración social del proyecto, durante su ejecución se han organizado diversas jornadas de divulgación y sensibilización dirigidos a la comunidad cercana. Los talleres realizados persiguen aumentar el conocimiento sobre diversos aspectos que afectan a la biodiversidad del área del proyecto. Así se han realizado talleres de construcción de hoteles de insectos -refugios-, construcción e instalación de cajas nido para avifauna, fomento de los anfibios, fomento de los fitófagos, eliminación de especies invasoras, plantación de especies autóctonas, recogida de residuos y organización de bioblitzs.